Hành chính Shinjuku

Giống như các khu đặc biệt khác của Tokyo, Shinjuku là một đơn vị hành chính cấp hạt và là một thành phố. Dưới nó không còn một đơn vị hành chính đầy đủ nào. Thị trưởng Shinjuku được bầu ra bằng hình thức phổ thông đầu phiếu trực tiếp.